Vào thập niên 1930 Đại học Göttingen trở thành tâm điểm của Phát xít Đức trong một chiến dịch chống lại cái gọi là "vật lý học Do thái" mà đại diện là Albert Einstein và Niels Bohr (cả hai đều là người Do Thái). Nhiều nhà khoa học trong đó có Max Born, Victor Goldschmidt, James Franck, Eugene Wigner, Leó Szilárd, Edward Teller, Emmy Noether, Richard Courant đã bị trục xuất hoặc trốn khỏi nước Đức. Những thành tựu toán học của Carl Friedrich Gauß và Bernhard Riemann đã không được kế thừa. Göttingen lúc đó được coi là phải trải qua một chiến dịch thanh lọc của chủ nghĩa Phát xít nhằm vào giới khoa học.

Mặc dù David Hilbert ở lại với trường trong thời kỳ đó nhưng cho đến tận khi ống mất (vào năm 1943), hoạt động khoa học của trường hầu như "kiệt quệ" dưới chính sách của Phát xít Đức (vì rất nhiều nhà khoa học tài ba làm việc tại đây là người Do thái hay kết hôn với người Do thái). Khoảng một năm sau "chiến dịch", Bernhard Rust (bộ trưởng Giáo dục của Đức lúc đó) đã có câu hỏi "Toán học của Göttingen ra sao sau khi không còn ảnh hưởng của Do thái?" và David Hilbert trả lời "Toán học Göttingen ư? Sự thực là không còn gì nữa". Câu trả lời của Hilbert có thể coi như lời than cho những mất mát khoa học của Göttingen. Ngày nay, Đại học Göttingen vẫn là một trong những đại học được đánh giá cao ở Đức nhưng không còn nữa ngành toán học nổi tiếng thế giới ngày nào.